2004年10月9日（土）8:30〜9:00放送
宇宙の彼方から彗星に偽装し地球に接近してきた「デューオ」の目的とは，地球抹殺だという．そしてそれを知ったフォルテはデューオを倒すための力を欲していた．熱斗と炎山は，ロックマンとブルースを彗星に送り込もうとするが，そのとき世界各地で大量のウイルスが巨大・実体化，地球は崩壊の危機に陥る．クロスフュージョンして戦おうとする熱斗たちの前に，デューオが現れた．デューオは人間とナビの融合であるクロスフュージョンに興味を示す．
脚本：荒木憲一 絵コンテ・演出：筑紫大介 作画監督：足立慎吾
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Created: 2006-05-04 Modified: 2006-05-13