2006年3月18日（土）放送
獣化因子に侵されたカーネルは今やグレイガ軍の戦士となり，戦果を挙げていた．ワイリー研究所を目指して進む熱斗たちは廃墟と化した都市でゾアノカーネルと遭遇する．シンクロナイザーを奪取しようと執拗にトリルを狙うゾアノカーネル．戦うしかないロックマンたち．さらにグレイガ自らもロックマンたちの前に立ちはだかる．そのころ，祐一朗は現実世界へ侵攻を進めるグレイガ，ファルザー両陣営のゾアノロイドに対抗するため，クロスフュージョンメンバーを集めていた．
脚本：久保田雅史 絵コンテ：どじゃがげん 演出：黒田幸生 作画監督：野本正幸
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Created: 2006-04-24 Modified: 2006-04-24