後編・ストーリー

引き揚げに成功した沈没船から多くの資材を得たガルガンティア。船体そのものの修復も始まるなか、旧文明の記録媒体が発見される。そこにはマシンキャリバーの祖となる戦闘機械の記録が残されていた。破滅を前にしても争い続けた人類の姿は、レドの心に影を落とす。一方、改修を繰り返すガルガンティアは物資不足に悩まされ、人々の疲労もピークに達していた。対策を求められたリジットは、海上貿易拠点『竜宮城』への寄航を決定する。慰労施設もかねた竜宮城で思い切り羽根を伸ばす船団住人たち。

だが、平穏は長くは続かなかった。本当の目的をあらわにし、動き出すリーマ。そして、ついにその全貌を現す謎のロボット・マズル。深まる混迷の果てにレドが直面する、驚愕の真実とは!?

前編・ストーリー

半身ともいえる愛機・チェインバーとの壮絶な別れからおよそ半年。大海原を往く船団ガルガンティアで、レドは仲間たちとともに新たな人生を踏み出していた。サルベージチームの一員として懸命に働くかたわら、失われた旧地球文明の痕跡をたどる日々。そんな彼の前に、かつての上官・クーゲルの船団からやってきた少女『リーマ』が現れる。エイミーの後輩としてメッセンジャー業を学ぶリーマとの出会いから、レドは波乱の過去を噛み締め、いまを生きる自分と改めて向き合うこととなる。そしてその未来には、さらなる困難と危機が待ち受けていた。チェインバーとの絆を胸に刻み、レドはひとりの青年として空と海のもたらすすべてに立ち向かってゆく。